Epigenetik - HC - förenklar version inför omtenta

1. Vilka epigenetiska mekanismer har vi?

- Dna metylering- Histonmodifiering- Icke-kodande RNA

2. Vilken funktion har DNA metylering?

- Den gör att vi får olika celltyper och vävnader- Metyleringen (epigenetiska regleringen) berättar för cellen vad dennes uppgift ska vara, ex vilket protein den ska bilda

3. Var hamnar metyleringen?

- Metyleringen hamnar på femte kolatomen på cytosin

4. Hur vet dottercellerna hur de ska agera?

- Metyleringsmönster nedärvs till dottercellerna

5. DNA metylering, kan du berätta 2 funktioner som denna har?

- Metyleringen stabiliserar genomet- DNA metylering + histonmodifiering - ändrar kromatinpackningen -> DNA kan transkriberas

6. Berätta hur metylering gör att gener är avstängda

- När CpG öarna är metylerade så är genen avstäng och det kan inte ske någon transkription och därmed heller inte någon proteinsyntes- Alltså kommer då ometylerade CpG öar göra att genen kan uttryckas, transkriberas och translateras

7. Berätta var metyleringen brukar finnas

- Metylering brukar finnas i vårt genom (men ej på CpG) detta för att hålla genomet i "schakt" (stabilt)

8. Nämn 4 saker som påverkar det epigenetiska mönstret

- Stress- Kost- Fysisk aktivitet- Åldrande

9. Åldrande påverkar det epigenetiska mönstret - kan du koppla detta till metylering?

- När vi åldras så ändras det epigenetiska mönstret och även metyleringen -> detta medför att vi mikroskopiskt mha DNA metylering kan avgöra en individs ålder

10. Cancer är en genetisk sjukdom, men även...?

- En epigenetisk sjukdom

11. Kan du berätta om DNA metylering kopplat till cancer?

- Vi får hypometylering av onkogener - dvs metylering tas bort för att aktivera onkogener- Vi får en global hypometylering - alltså mycket metylering tas bort vid cancer vilket gör att genen blir instabil- Vi får hypermetylering av tumörsuppressorgener -> de stängs avDet är alltså en generell förlust av metylering i cancer, men ökad metylering på vissa ställen som ex CpG öar

12. Vi kunde mäta en persons ålder mha metylering, så vad kan metylering fungera som?

Metylering kan fungera som en biomarkör

13. Vad är en biomarkör?

- Det är något som används för att objektivt mäta saker, används alltså som en indikator ex för att ta reda på om man har en sjukdom

14. Kan du ge exempel på material som man kan analysera?

- Tumörvävnad- Saliv- Blod- Urin

15. Hur förvarar man material/biomarkörer?

- FFPE (formalin-fixerad-paraffin-inbäddad-vävnad)

16. Varför är DNA metylering lämplig som biomarkör?

- Då den har en stabil struktur

17. Vilken är den vanligaste metoden för att identifiera biomarkörer?

Illumina metyleringsarrayer

18. Vilken är en av de mest robusta och vältestade epigenetiska markörer?

- CIMP

19. Kan du nämna två biomarkörer och för vad de används?

- SEPT9 - kolorektal cancer- GSTP1 - prostatacancer

20. Vad gör MGMT?

- Kan laga DNA skador

21. Vad är MGMT?

- MGMT metylering är en biomarkör som används inom kliniken för att prediktera behandlingssvar

22. MGMT metylering är en biomarkör som används inom kliniken för att prediktera behandlingssvar - kan du ge exempel på läkemedel då man använder MGMT innan?

- Innan en pat får temozolamide så kollar man om pat uttrycker proteinet MGMT- Om pat uttrycker MGMT är det dumt att ge temozolamide för att de har motsatta effekter: temozolamide ges för att skada DNA, men MGMT fixar ju DNA

23. Vad kan man använda för att indentifiera tumörtyp?

- EPICUP classifer- Methped classifier- MNP classifier

24. Kan du nämna en anledning till varför classifiers är viktiga?

- Det gör att man kan subgruppera tumörer vilket är viktigt när man ska bestämma hur pat ska behandlas

25. Vad kan DNA metyleringsprofiler användas till?

DNA metyleringsprofiler kan användas till att bygga tumör classifiers

26. Vad kunde ske om det blev fel i den epigenetiska regleringen?

- Man kan ex få cancer